Trabajó junto a su padre (Teón, matemático y astrónomo que ejercía de profesor en la Biblioteca de Alejandría) en la preparación de textos para los alumnos, reeditó los Elementos de Euclides, escribió comentarios sobre la Aritmética de Diofanto, el Almagesto de Tolomeo y las Cónicas de Apolonio.
También llevó a cabo un análisis matemático de los movimientos de los astros consiguiendo mejorar el astrolabio y confeccionar un planisferio celeste.
Se dedicó a la enseñanza de la filosofía, centrándose en las obras de Platón y Aristóteles. La casa de Hipatia se convirtió en un lugar de enseñanza donde acudían estudiantes de todas partes del mundo conocido, atraídos por su fama.Fue una mujer pagana, sabia, influyente y muy admirada en la ciudad.
Esta fama le llevó a la muerte ya que desencadenó la furia de Cirilo (obispo de Alejandría que atacaba a todos los colectivos religiosos que no aceptasen el cristianismo) e hizo que la asesinaran para dar ejemplo a los que no siguieran su doctrina.
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